부산항과 부산 세관의 역사를 한눈에 볼 수 있는 부산세관박물관은 2001년 11월 부산본부세관 내에 개관한 박물관이다. 부산 세관은 부산항이 개항한 지 5년 후인 1883년에 문을 연 우리나라에서 가장 유서 깊은 세관 중 하나이며, 세관박물관에는 부산 세관과 관련한 자료들을 역사의 장, 이해의 장, 정보의 장Ⅰ·Ⅱ의 4가지 테마로 구성하여 총 217평의 박물관에 1,200여 점의 자료가 전시되어 있으며, 별도의 영상홍보실을 통해 실감 나는 영상홍보물도 볼 수 있다.

제1전시실인 역사의 장에서는 근대 부산의 변천 과정을 한눈에 볼 수 있도록 꾸며져 있고, 개항 당시 부산항 모형, 동래부지도와 부산세관백년사 등이 전시되어 있다. 제2전시실 이해의 장에는 광복 전후 조선관세법규, 1958년 부산항 전경 사진 등을 볼 수 있으며, 제3전시실 정보의 장Ⅰ에는 1960년대 밀수 관련 자료와 해상 밀수 단속 현장 매직 비전 등이 설치되어 있다. 제4전시실 정보의 장Ⅱ에는 호랑이 등 동물박제와 가죽, 마약 제조기·마약 샘플·마약 은닉 모형 등 각종 수출입 금지 품목이 전시되어 있으며, 영상홍보실에서는 세관의 역할과 활동을 담은 영상물을 상영하고 각종 홍보자료도 전시하고 있다.