인간을 먹는 몬스터 ‘요마’가 횡행하는 시대. 요마에 대항하기 위해서 ‘조직’은 요마의 신체 일부를 인간에게 주입하여 반인반요의 전사를 탄생시켰다. 은색의 눈동자와 등에 둘러멘 거대한 검이 인상적인 그녀들은, 대검의 이름에서 가져온 ‘클레이모어’라는 명칭으로 불리며, 인간들을 위해 요마를 베었다. 클레이모어의 한 사람인 클레어는 오래전 테레사라는 이름의 클레이모어와 만났다. 고독하고 차가운 미소를 지닌 그녀는 최강의 클레이모어였지만, 클레어를 구하기 위해 그만 금기를 깨고 인간을 죽이고 만다. 테레사는 곧 토벌대에게 쫓기는 신세가 되고, 결국 토벌대의 일원인 프리실라의 강대한 힘 앞에서 무릎을 꿇고 쓰러진다. 테레사의 적을 치기 위해 스스로 클레이모어가 되기로 결심한 클레어. 그녀는 테레사의 피를 이어받음과 동시에 언제 요마로 변할지 알 수 없는 클레이모어의 숙명까지 이어받게 된다. 자신과 마찬가지로 요마로 인해 가족을 잃어버린 소년 라키와 함께 여행을 다니는 클레어. 그녀의 머나먼 여정은 이제 막 시작되었을 뿐이다….