여래사는 대지면적 2,400여㎡(730여 평), 연면적 9.917㎡(3000평)에 지하 4층, 지상 5층(높이 27.15m) 건물로 지어진 통도사 포교당이다. 지상 4, 5층의 만불보전은 통층방 형식으로 된 법당으로 만(萬) 부처님이 계시며, 5층에는 인등기도 참회실이 있고 3층에는 극락전과 반야샘터가 있다. 2층에는 방송실, 1층에는 종무소와 청소년회관, 지하 1층에는 소극장과 서점, 식당이 있으며, 지하 2, 3층에 주차장이 있다.