쌍충사는 충열공 이대원과 충장공 정운을 배향하는 사당이다. 이대원은 1587년 녹도만호로서 남해안에 출몰하는 왜적을 맞아 전과를 올렸고 손죽도 해상에서 순절하였다. 정운은 유성룡의 천거로 1591년 녹도만호로 부임했고 임진왜란 때에 이순신과 함께 옥포·한산해전 등에서 선봉장으로서 전과를 올리고 몰운대에서 순절하다.
쌍충사는 1605년 이대원의 아들인 이대상이 세웠으며, 1990년 전라남도 기념물로 지정되었다. 사당은 정면 3칸, 측면 2칸의 규모로 지어졌으며, 지붕은 팔작지붕이다. 내부에는 이대원과 정운의 위패가 모셔져 있다.
쌍충사는 봉암리 해안가 높은 언덕위에 자리잡고 있어 소록도와 녹동항, 녹동항 바다정원이 바로 보이며 이곳을 둘러본 후 뒷문으로 나가면 공원형식의 녹도진 성지가 있다.