C.E (Cosmic Era) 70년. 중립자원위성 헬리오폴리스에서 평화로운 나날을 보내던 키라. 하지만 그곳에서는 지구군 비밀 병기인 ‘G’ 가 만들어지고 있었다. 이것을 눈치챈 자프트군이 ‘G’를 노리고 공격해오고, 키라는 공장으로 피신한다. 그리고 그곳에서 우연히 Z.A.F.T(자프트)군의 파일럿이 된 옛 친구, 아스란을 만나면서 새로운 갈등이 전개된다.

가공의 시대인 코즈믹 이라(Cosmic Era, C.E) 70년대에 일어난 내츄럴(자연 인류)을 대표하는 지구연합군(O.M.N.I.Enforcer)과 코디네이터(유전자 조작을 통한 신인류)를 대표하는 자유조약 황도동맹(Zodiac Alliance of Freedom Treaty, Z.A.F.T)간의 전쟁을 배경으로 소년, 소녀들이 전쟁에 휘말려 들어가는 모습을 그리고 있다.