1926년 뉴욕, 검은 존재가 거리를 쑥대밭으로 만들고 미국의 마법의회 MACUSA의 대통령과 어둠의 마법사를 체포하는 오러의 수장 그레이브스가 이를 추적하는 혼돈 속에 영국의 마법사 뉴트 스캐맨더가 이 곳을 찾는다. 그의 목적은 세계 곳곳에 숨어있는 신비한 동물들을 찾기 위한 것. 여행을 하면서 다양한 크기의 신비한 동물을 구조해 안에 마법의 공간이 있는 가방에 넣어 다니며 보살핀다. 하지만 은행을 지나던 중 금은보화를 좋아하는 신비한 동물인 니플러가 가방 안에서 탈출을 하고 이 일로 전직 오러였던 티나와 노마지 제이콥과 엮이게 된다. 한편 검은 존재의 횡포는 더욱 거세져 결국 인간 사회와 마법 사회를 발칵 뒤집는 사건이 발생하고, 이 모든 것이 뉴트의 소행이라는 오해를 받게 되는데...

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